סמינר המחלקה להנדסה ביו-רפואית

sTAUbility: an Innovative Approach to Increase the Genetic Stability of Heterologous Genes
 

To be presented by IGEM Team TAU Israel 2020:

Karin Sionov¹, Matan Arbel¹, Itamar Menuhin¹, Doron Naki¹,Niv Amity¹, Bar Glickstein¹ ,Omer Edgar¹, Noa Kraicer¹, Itai Katzir¹, Einav Saadia¹, David Kenigsberger¹, Hadar Ben Shoshan¹, Dan Alon², Adi Yanai², and Prof. Tamir Tuller³.

¹iGEM Student Team Member, ²iGEM Team Mentor, ³iGEM Team Primary PI.

Abstract

A key challenge in the field of synthetic biology is genomic instability of introduced genes. Once a gene is inserted into a host organism, it can cause an additional metabolic load, significantly reducing host fitness. Mutations that damage the introduced gene are therefore likely to be selected for, diminishing its expression. These mutations could render synthetic-biology products obsolete and require constant maintenance. We propose interlocking a target gene to the N-terminus of an essential gene in the host’s genome, under the same promoter. This way, mutations on the target gene are likely to affect the expression of the essential gene, leading to mutated host mortality. We are developing a software called sTAUbility, that would match the best-fitting essential gene and linker to a given target gene, based on bioinformatic models and novel approaches for measuring stability. Furthermore, sTAUbility optimizes the combined construct for efficient gene expression and increased stability.

zoom : ~~https://us02web.zoom.us/j/83306241179?pwd=R0pVVU1JTVQyd3FRR3gxNzFRcU5sQT09

גישה חדשנית להגברת היציבות הגנטית של גנים הטרולוגיים

מציגים- צוות IGEM  מאוניברסיטת תל אביב :

קרין סיונוב, ניב עמיתי, הדר בן שושן,  נועה קרייצר,  בר גליקשטיין, איתמר מנוחין, מתן ארבל, דורון נאקי, עומר אדגר, איתי קציר, דויד קניגסברגר, עינב סעדיה.

תקציר:

אתגר מרכזי בתחום הביולוגיה הסינתטית הוא חוסר יציבות גנומית של גנים שהוכנסו. ברגע שמכניסים גן לאורגניזם מארח, הוא יכול לגרום לעומס מטבולי נוסף, ולהפחית משמעותית את כושר המארח. לכן ניתן לבחור במוטציות הפוגעות בגן שהוצג, מה שמקטין את ביטויו. מוטציות אלו עלולות להפוך את המוצרים הביולוגיים הסינטטיים למיושנים ודורשים תחזוקה מתמדת. אנו מציעים לשלב גן יעד לקצה N של גן חיוני בגנום של המארח, תחת אותו מקדם. בדרך זו, מוטציות בגן עשויות להשפיע על הביטוי של הגן החיוני, ולהוביל לתמותה של המוטציה. אנו מפתחים תוכנה הנקראת sTAUbility, שתתאים את הגן החיוני והמתאים ביותר לגן יעד נתון, המבוססת על מודלים ביואינפורמטיים וגישות חדשניות למדידת יציבות. יתר על כן, sTAUbility מייעל את המבנה המשולב לביטוי גנים יעיל וליציבות מוגברת.

זום: ~~https://us02web.zoom.us/j/83306241179?pwd=R0pVVU1JTVQyd3FRR3gxNzFRcU5sQT09