הצגת סמינר סטודנטים- לורנה בחית מאסטרנטית בהנחיית תמיר טולר ועבאדיין עודיי-בהנחיית פרופ' עופר ברנע אמריטוס

26 בינואר 2025, 14:00 - 15:00 
חדר סמינרים  
הצגת סמינר סטודנטים- לורנה בחית מאסטרנטית בהנחיית תמיר טולר ועבאדיין עודיי-בהנחיית פרופ' עופר ברנע אמריטוס

Understanding and Predicting Gene Coding Sequences with Natural Language Processing-Lorna Bahit

Abstract

Codon usage Bias, a phenomenon influenced by selective pressure, influences several aspects of protein production, including all gene expression steps and protein co-translational folding. However, traditional computational tools often fall short in capturing the complex interactions of codons across different species. To address this, our study employs a new version of BART (Bidirectional and Auto-Regressive Transformer) model, a state-of-the-art deep learning technique, to enhance the prediction of codon sequences. We trained BART on sequences from four different organisms—Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces castellii, Saccharomyces kudriavzevii, and Lachancea kluyveri—and improved its performance by incorporating information about orthologous codons. Orthologs, which are genes conserved across species due to common ancestry, offer valuable insights into conserved codon usage patterns. By integrating this evolutionary context, we were able to enhance the accuracy of our predictions, particularly in genes with highly conserved orthologs. Furthermore, our results suggest that OrthologBART is able to implicitly capture expression-related codon patterns, even in species without direct expression data, by learning from the evolutionary pressure on codon usage across gene regions. Notably, the model showed an ability to predict codons with higher confidence in regions of genes subject to regulatory pressures, such as the first and last codons in the coding regions. Using our tool, we were able to predict codons in new coding sequences more accurately than previous models, offering deeper insights into codon distribution both across and within genes.

We believe that our approach not only advances our understanding of codon selection mechanisms but may also provide a powerful tool for optimizing protein synthesis in diverse biological and industrial contexts.

 

 

 

 

Data analysis for intracranial parameter estimation in TBI patient-Oday Abdeen

Supervisor: Prof Emeritus Ofer Barnea

Abstract

To better understand intracranial dynamic in TBI patients, we developed a lumped parameter model which includes a representation of cerebral ISF flow within brain tissue and its interactions with CSF flow and cerebral blood flow (CBF). The model is based on an electrical analog circuit with four intracranial compartments: the (1) subarachnoid space, (2) brain, (3) ventricles, (4) cerebral vasculature and the extracranial spinal thecal sac. This model resulted in accurate predictions and elucidated intracranial fluid dynamics. To continue with real-time parameter-estimation of critical parameters that cannot be measured at this time, we reduced this model to a minimal model that consists of only 4 parameters. The values of the parameters are calculated using the model with the patient’s arterial pressure waveform as an input. Parameters are optimized to generate the ICP waveform that is also obtained from the patient. The optimization procedure is an exhaustive search within physiological boundaries. The study is performed at Hadassah Medical Center. It is expected to yield indications of the severity of Edema and provide an indication on intracranial elasticity and fluid output resistance – all vital parameters for patient management.

 

קבלו את הטובים והטובות ביותר! 

Physical Electronics Seminar :Fast Quasi Distributed Acoustic Sensing using phase generated carrier and pulse rate multiplier

סמינר שמיעה לתלמידי תואר שני ושלישי

04 בפברואר 2025, 15:00 
Room 011 Kitot Building  
Physical Electronics Seminar :Fast Quasi Distributed Acoustic Sensing using phase generated carrier and pulse rate multiplier

 

  -סמינר זה יחשב כסמינר שמיעה לתלמידי תואר שני ושלישי-  This Seminar Is Considered A Hearing Seminar For Msc/Phd Students

 

התנדבות מדעית בביה"ס אל עומריה בכפר קאסם

צילום :מעיין לוסטיג

מעבדות אוניברסיטת ת"א עם הפנים לקהילה

התכנית המשותפת של הסטודנטים להנדסה ביו-רפואית ותלמידי בית הספר היסודי בכפר קאסם

צוהר לאקדמיה – התכנית המשותפת של הפקולטה להנדסה באוניברסיטת תל אביב ובית הספר "אל-עומריה" בכפר קאסם מציינת 5 שנים שבמסגרתן תלמידי בית הספר היסודי נחשפים כבר בגילאים הצעירים למצוינות אקדמית וזוכים לטעימה מעולמות המדע, פיזיקה, כימיה, הנדסה ביו-רפואית ועוד.

התכנית פועלת במסגרת הקורס "מעבדה בהנדסה ביו רפואית" של הפקולטה להנדסה בשיתוף עם "מתחברים פלוס" של היחידה למעורבות חברתית בדקאנט הסטודנטים, ועמותת ״תובנות בחינוך״. במסגרת הקורס הסטודנטים מלווים לאורך השנה את התלמידים הצעירים ובתמורה להתנדבות הם זכאים לנקודת זכות אקדמית.

פרופ' נועם בן-אליעזר, ראש התוכנית לתואר ראשון במחלקה להנדסה ביו-רפואית, ושי כהן, דוקטורנט מצטיין במחלקה, מנהלים את הפרויקט במטרה לעודד את הסטודנטים לפעילות חברתית משמעותית. הקורס "מעבדה בהנדסה ביו רפואית", הינו קורס חובה הניתן לתלמידי שנה ג' בהנדסה ביו רפואית, בפקולטה להנדסה. מדובר בקורס שנתי במסגרתו הסטודנטים מבצעים ניסויים שקשורים לתחום וכן לומדים את יסודות העבודה במעבדה ביולוגית.

במסגרת התכנית המשותפת, הסטודנטים הלומדים בקורס, פוגשים לאורך הסמסטר את תלמידי כיתות ה׳-ו' בבית הספר, מסבירים להם על האוניברסיטה, חושפים אותם לפיתוחים חדשים וטכנולוגיות מתקדמות ומעבירים להם הרצאות חווייתיות במגוון תחומים, בהם: מערכות ביו רפואיות, רובוטיקה,  מוח ותעתועי ראיה, כוחות פיזיקליים, חומרים ועוד. כך למשל התלמידים ביקרו לאחרונה במעבדה להנדסת תאים ורקמות בפקולטה להנדסה, למדו על התאים בעזרת התבוננות במיקרוסקופ וכן השתתפו בניסוי שבחן את קצב פעימות הלב בעזרת מערכת ECG.

 

צילום :מעיין לוסטיג

מוחמד צרצור, מנהל ביה"ס "אל-עומריה" בכפר קאסם: "המחלקה הביו-רפואית באוניברסיטת תל-אביב משתפת פעולה עם בית ספרנו זאת השנה הרביעית. פעילות זאת תומכת בחזון ביה"ס שכולל ערכים, יצירת תמונת עתיד מעוררת השראה עבור התלמידים, שבירת תקרת הזכוכית של היעדים שלהם, חשיפה שלהם לפעילויות במוסדות מובילים – ובאופן כללי הרחבת האופקים שלהם. רמת המחויבות, ההשקעה, האנרגיה והמקצועיות של המתנדבים ושל הפקולטה מייצרים שיתוף פעולה ייחודי שאנחנו מוקירים עליו תודה עמוקה ושלשמחתנו רק הולך ומתרחב."

פרופ' בן-אליעזר מסכם: "הסטודנטים/יות אשר מתנדבים/ות לפרויקט מדווחים/ות כי זו החוויה המשמעותית ביותר אשר הם/ן עברו במהלך התואר, ואשר תרמה להם רבות מבחינה ריגשית ומבחינת הבנתם את המארג החברתי המורכב במדינת ישראל. אנחנו במחלקה מעודדים מאוד מהצלחת הפרויקט אשר רק מתרחב משנה לשנה והחזון שלנו הוא להמשיך ולהרחיב אותו עד אשר כל סטודנט/ית בפקולטה ובאוניברסיטה יזכו לתרום לקהילה במהלך לימודיהם האקדמיים".

 

צילום :מעיין לוסטיג

רשאים לפנות לוועדה היחידתית בבקשה להתקבל למסלול זה תלמידים לתואר שני בפקולטה להנדסה שסיימו לפחות סמסטר אחד ולא יותר מארבעה סמסטרים. המועמד יעמוד בכל התנאים הבאים: (1) בעל תואר "בוגר אוניברסיטה" שסיים לימודים ב"הצטיינות" ובציון 85 לפחות. (2) למד קורסים לתואר השני בהיקף 9 נ.ז. לפחות, בציון משוקלל 90 ומעלה, בהם קורס חובה פקולטי וקורס חובה מחלקתי. (3) כתיבת עבודה מחקרית בהיקף של מאמר. העבודה תיבדק ע"י ועדה (מנחה + איש סגל שימונה ע"י ראש המחלקה). (4) סטודנט בזמן מלא (חייב לשהות בין כותלי האוניברסיטה). לאחר הגשת הצעת המחקר, עמידה בבחינת הכשירות (היא בחינת המועמדות המורחבת) והשלמת חובות שמיעת הקורסים במחלקה בהיקף של 30 נ.ז., יוענק לתלמיד במסלול ישיר לדוקטורט תואר שני בנתיב פרויקט גמר, ובתעודה יצוין כי התואר ניתן במהלך לימודיו במסלול הישיר לדוקטורט. תלמיד, שיפסיק את לימודיו במסלול הישיר לדוקטורט לאחר קבלת התואר השני כאמור ובטרם יהיה זכאי לתואר דוקטור וירצה לחדש את לימודי הדוקטורט במועד מאוחר יותר, יידרש להגיש חיבור מדעי המתאר עבודה השקולה לעבודת תזה לתואר שני, כתנאי לקבלתו כתלמיד תואר שלישי.

 

תנאים להסרת תנאי הקבלה במסלול הישיר ומעבר ללימודים במעמד "מן המניין": (1) התלמיד ישלים קורסים שהוטלו עליו בהיקף של 24 נ.ז. לפחות מתוך 30 נ.ז. המוטלים על תלמיד במסלול הישיר. (2) התלמיד יגיש לוועדה היחידתית תכנית מחקר מפורטת בחתימת המנחה תוך שנה ממועד קבלתו בהתאם להנחיות באתר הפקולטה להנדסה.תלמיד במסלול הישיר שלא עמד בבחינת המועמדות, יופסקו לימודיו במסלול הישיר, והקורסים שלמד במסגרת זו ייחשבו כחלק מלימודי התואר השני.

 

תלמיד שלב ב' במסלול הישיר ישלים עד להגשת עבודת הדוקטור קורסים בהיקף של 30 נ.ז. בציון ממוצע 80 ומעלה. הלימודים בהיקף 30 נ.ז. כוללים 9 נ.ז. או יותר שנצברו עד למעבר למסלול הישיר.

 

תלמיד חייב לתת הרצאה אחת לפחות במסגרת הסמינר המחלקתי במסגרת הדרישות לקבלת התואר. ההרצאה תינתן עד למועד הגשת עבודת הדוקטור.

 

הלימודים לתואר דוקטור נועדו להכשיר את הסטודנט להיות מומחה ובעל ידע, בין המובילים בעולם בתחום התמחותו, בעל יכולת מוכחת לבצע עבודה מחקרית עצמאית, בעל אופקים רחבים במדע וטכנולוגיה, ומצויד בכלים לתרומה יעילה לחברה ולמשק. עבודת המחקר, שהיא המרכיב העיקרי בלימודי דוקטורט, תכלול בשלב ראשון איתור חזית הידע בתחום ההתמחות וביקורת עניינית של הנעשה בעבר, הצבת יעדי המחקר, גיבוש תוכנית עבודה מקורית ותיאור השיטות והאמצעים לחקר הבעיה תוך עמידה בלוח זמנים סביר. במהלך המחקר יוכיח הסטודנט מחשבה מקורית וכושר ביצוע וניתוח. התזה תיכתב, בשפה האנגלית, בניסוח מדעי ולשוני רהוט. היא תסכם את המחקר על כל היבטיו בצורה עניינית וביקורתית, תבליט את תוצאות המחקר ואת תרומת המחקר לתחום ההתמחות. הסטודנט גם יפתח סקרנות מדעית וירחיב את ידיעותיו בנושאים מדעיים וטכנולוגיים הסובבים את שטח התמחותו. במסגרת לימודיו ישתלב הסטודנט במערך ההוראה של הפקולטה כהכנה למעורבות חברתית הצפויה לו בעתיד.

 

תלמידי דוקטורט יתקבלו בכפוף לתקנון האוניברסיטאי לתלמידי מחקר ובהתאם למדיניות הוועדות האוניברסיטאית והיחידתית לתלמידי מחקר. 

מצורף קישור לתוכנית הלימודים לתואר שלישי.

מידע שימושי על התואר השלישי באוניברסיטת תל-אביב תמצא כאן.

 

המחלקה להנדסה ביו רפואית קיימה טקס הענקת מלגות הצטיינות לזכרו של פרופ' שמואל עינב ז"ל ממייסדי המחלקה להנדסה ביו רפואית באוניברסיטת תל אביב.

 

פרופ' עינב היה חוקר פורץ דרך בתחום ההנדסה הביו רפואית שתרם רבות למחקרים ופיתוחים טכנולוגיים בתחום הלב וכלי הדם. בשנת 2012 קבל את פרס לנדאו למדעים ומחקר של מפעל הפיס.

 

במהלך הטקס, נשאו דברים לזכרו של פרופ' עינב פרופ' מיטל זילברמן מהמחלקה להנדסה ביו רפואית ופרופ' נועם אליעז, דקאן הפקולטה להנדסה, שדיברו על תרומתו המשמעותית למדע ולאוניברסיטת תל אביב. בטקס נכחו בני ובנות המשפחה, חברים וחברות של פרופ' עינב, ראש המחלקה, חברי וחברות סגל וסטודנטים.ות.

 

מלגות ההצטיינות ע"ש פרופ' עינב ז"ל הוענקו לדנה אהרוני (סטודנטית לתואר שני בהנחיית פרופ' נתי שקד) וניר מלניקוב (סטודנט לתואר שלישי בהנחיית פרופ' בן מעוז), שהציגו את מחקריהם.

 

באירוע ניגן יהלי אנטר (סטודנט בבית הספר למוזיקה) בכינור של פרופ' שמואל עינב ז"ל שנתרם ע"י משפחתו לבית הספר למוזיקה.

 

 

 

הנדסת סביבה - Environmental Engineering

MSc - Environmental Engineering - Coursework

MSc - Environmental Engineering - Research

 

 

הנדסה ביו רפואית - Biomedical Engineering

MSc - Biomedical Engineering - Research

 

 

EE Seminar: The era of domain specific architectures -- Case in point: artificial intelligence

29 בינואר 2025, 15:00 
אולם 011, בניין כיתות-חשמל  
EE Seminar: The era of domain specific architectures -- Case in point: artificial intelligence

(The talk will be given in English)

 

Speaker:     Dr. Ofer Shacham

                    Co-founder and CEO of Majestic Labs

 

011 hall, Electrical Engineering-Kitot Building‏

Wednesday, January 29th, 2025

15:00 - 16:00

 

The era of domain specific architectures -- Case in point: artificial intelligence

 

Abstract

The end of Dennard scaling marks the dawn of an era where all designs are power constrained. An era where the only way to increase performance is to improve power efficiency. This is the era of domain specific architectures. In this talk, our focus is on specialized extremely efficient computing for application in the most impactful domain of the century—artificial intelligence. Furthermore, artificial intelligence is the dominant driver for demand for compute in both mobile and data center use cases. In this talk we will see how domain specific architectures deliver the exponential performance growth we so desperately desire in order to feed the AI beast. 

Short Bio

Dr. Ofer Shacham is a co-founder and CEO of Majestic Labs, a US-Israeli startup, rearchitecting AI server systems to topple the Memory Wall. He was most recently VP and Head of Silicon at Meta Reality Labs creating the Meta AR glasses compute system known as Orion. Prior to Meta, Dr. Shacham worked for Google where he led Silicon Design and Implementation for the Consumer Hardware organization and developed Google’s Pixel Visual Core and Pixel Neural Cores for AI, some generations of the Titan security chip and early phases of the Pixel 6 Tensor Chip. Dr. Shacham joined Google through the acquisition of his startup, Chip Genesis, which helped organizations create specialized extremely efficient chips. Prior to Stanford, Dr. Shacham worked for IBM R&D labs in Israel. Shacham also served in an elite Israeli Navy Unit. Dr. Shacham holds a double major BSc in EECS from Tel Aviv University and a MSc, Ph.D., and Postdoc degrees from Stanford University, where he later served as Academic Staff. Dr. Shacham enjoys paying it forward by teaching VLSI and Computer Architecture at Tel Aviv University.

 

השתתפות בסמינר תיתן קרדיט שמיעה לתלמידי תואר שני ושלישי = עפ"י רישום שם מלא + מספר ת.ז. בטופס הנוכחות שיועבר באולם במהלך הסמינר

 

EE Seminar: Understanding and Enhancing Deep Neural Networks with Automated Interpretability

27 בינואר 2025, 12:00 
אולם 011, בניין כיתות חשמל  
EE Seminar: Understanding and Enhancing Deep Neural Networks with Automated Interpretability

(The talk will be given in English)

 

Speaker:     Dr. Tamar Rott Shaham

                        CSAIL, MIT

                          

011 hall, Electrical Engineering-Kitot Building‏

Monday, January 27th, 2025

12:00 - 13:00

 

Understanding and Enhancing Deep Neural Networks with Automated Interpretability

 

Abstract

Deep neural networks are becoming increasingly sophisticated; they can generate realistic images, engage in complex dialogues, analyze intricate data, and execute tasks that appear almost human-like. But how do such models achieve these abilities?

In this talk, I will present a line of work that aims to explain behaviors of deep neural networks. This includes a new approach for evaluating cross-domain knowledge encoded in generative models, tools for uncovering core mechanisms in large language models, and insights into how fine-tuning affects these mechanisms. Next, I will introduce the Automated Interpretability Agent (AIA), a system that automates and scales the scientific process of interpreting neural networks. When presented with an interpretability task—such as explaining the role of a specific neuron in a pre-trained model or identifying failures in the model’s predictions—AIA autonomously formulates hypotheses, designs iterative experiments on model internals, and refines explanations based on experimental outcomes. I will demonstrate how AIA’s findings can be leveraged to mitigate biases and enhance model performance. The talk will conclude with a discussion of future directions, including the development of universal interpretability tools and extending interpretability methods to automate scientific discovery.

Short Bio

Tamar Rott Shaham is a postdoctoral researcher at MIT CSAIL in Antonio Torralba’s lab. She earned her PhD from the Electrical and Computer Engineering faculty at the Technion, where she was supervised by Prof. Tomer Michaeli. Tamar has received several awards, including the ICCV 2019 Best Paper Award (Marr Prize), the Google WTM Scholarship, the Adobe Research Fellowship, the Rothchild Postdoctoral Fellowship, the Vatat-Zuckerman Postdoctoral Scholarship, and the Schmidt Postdoctoral Award.

 

השתתפות בסמינר תיתן קרדיט שמיעה לתלמידי תואר שני ושלישי = עפ"י רישום שם מלא + מספר ת.ז. בטופס הנוכחות שיועבר באולם במהלך הסמינר

 

עמודים

אוניברסיטת תל אביב עושה כל מאמץ לכבד זכויות יוצרים. אם בבעלותך זכויות יוצרים בתכנים שנמצאים פה ו/או השימוש שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות
שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות נא לפנות בהקדם לכתובת שכאן >>
אוניברסיטת תל-אביב, ת.ד. 39040, תל-אביב 6997801