היחידות האקדמיות בפקולטה להנדסה הן שני בתי ספר: הנדסת חשמל ואלקטרוניקה והנדסה מכנית, ושתי מחלקות: הנדסה ביו רפואית והנדסת תעשייה . בנוסף, לתואר שני קיימות שתי תוכניות לימודים ייחודיות: התוכנית למדע והנדסת חומרים והתוכנית להנדסת סביבה.
בפקולטה להנדסה מתקיימות שש מגמות לימוד לקראת התואר הראשון (B.Sc). הלימודים לתארים מתקדמים (M.Sc, Ph.D) מתקיימים ביחידות האקדמיות השונות ומאוגדים תחת בית הספר ללימודים מתקדמים ע"ש זנדמן-סליינר.
