לו"ז יום פתוח בית הספר להנדסת חשמל

23 בפברואר 2024, 9:00 - 13:00 
 
לו"ז יום פתוח בית הספר להנדסת חשמל

 

Ilya Margolin-Enhancing Cancer Classification through cfDNA and Transformer Models

סמינר מחלקת מערכות - EE Systems Seminar

28 בפברואר 2024, 15:30 
Electrical Engineering-Kitot Building 011 Hall  
Ilya Margolin-Enhancing Cancer Classification through cfDNA and Transformer Models

Electrical Engineering Systems Seminar

Speaker: Ilya Margolin

M.Sc. student under the supervision of Prof. Noam Shomron and Prof. Shai Avidan

 

Wednesday, 28th February 2024, at 15:30

Room 011, Kitot Building, Faculty of Engineering

 

Enhancing Cancer Classification through cfDNA and Transformer Models

 

Abstract

Cancer diagnosis often faces the critical challenge of late detection and advanced metastasis, leading to complex treatments and high mortality rates. Liquid biopsy, a method for extracting cell-free DNA (cfDNA) from blood, offers a promising avenue for the early detection of cancer through the identification of biomarkers in a non-invasive and cost-effective manner. However, early detection using tumor-derived cfDNA presents formidable hurdles, primarily due to the challenge of distinguishing tumor-derived cfDNA in a normal background without complex sequencing or reference samples.

Transformer-based deep learning models, renowned for their sequence modeling capabilities, have achieved remarkable success in diverse domains. Particularly, end-to-end models demonstrate the capacity to learn significant features and exhibit enhanced robustness. In this study, an end-to-end deep learning method based on a transformer encoder was developed and applied to multiple clinical datasets containing raw genomic sequencing data from cancer patients and healthy individuals. To simulate ultra low-cost, low-coverage sequencing, the method was further tested on down-sampled sequencing samples.

For multi-cancer classification, our method achieved 79% sensitivity at 85% specificity. Using a breast cancer specific model rather than the multi-cancer model improved breast cancer classification sensitivity from 68% at 85% specificity to 86% at 85% specificity. While traditional cancer detection methods show a dramatic drop in performance with lower sequencing coverage, our method shows almost similar cancer detection ability across all tested depths.

Transformer based deep learning models show potential for direct analysis of raw genomic data. With sufficient training data, optimized models may approach accuracies needed for clinical use. Our results show the feasibility of detecting cancer at an early stage directly from cfDNA. Notably, our technique requires an extremely small amount of sequencing data. This enables the method to be scaled for widespread early cancer screening applications.

 

השתתפות בסמינר תיתן קרדיט שמיעה = עפ"י רישום שם מלא + מספר ת.ז. בדף הנוכחות שיועבר באולם במהלך הסמינר

 

 

 

 

 

 

 

 

 

https://engineering.tau.ac.il/sites/engineering.tau.ac.il/files/media_server/all-units/website/digital.physiologic.course.program.pdf

היום הפתוח לתואר ראשון בפקולטה להנדסה באוניברסיטת תל אביב הסתיים, ואנו מודים.ות לאלפי המתעניינים והמתעניינות שהגיעו להכיר מקרוב את מסלולי הלימוד, המחקר והחדשנות המובילים שלנו.

אלפים הצטרפו אלינו, ולא נתנו למזג האוויר הסוער לעצור אותם.ן מלהגיע, לשאול, לחקור, ולהתקרב צעד נוסף להגשמת החלום שלהם.ן.

במהלך היום הפתוח המשתתפים והמשתתפות זכו להיחשף למגוון תחומי ההנדסה, להשתתף בהרצאות מעמיקות, להתרשם מפרויקטים פורצי דרך, לצפות בהדגמות טכנולוגיות ולבקר במעבדות המתקדמות של הפקולטה.

בנוסף, התקיימו מפגשים עם חברי וחברות הסגל האקדמי והמנהלי, לצד שיחות עם סטודנטים וסטודנטיות, אשר שיתפו מניסיונם.ן האישי על הלימודים בפקולטה.

תודה לכל מי שהגיעו על ההתעניינות, השאלות המעמיקות והמעורבות הרבה! הרצון לגלות, להבין, ליצור, ולשנות את העולם דרך ההנדסה היה מורגש בכל פינה בפקולטה.

אם לא הצלחתם.ן להגיע, נשמח להעניק לכם.ן את כל המידע הנדרש באתר שלנו ולהשיב על כל שאלה.

נשמח לפגוש אתכם.ן שוב בקרוב – בפעם הבאה כסטודנטים וסטודנטיות מן המניין, בדרך לעצב את העולם של המחר!  

השתלמות בתר דוקטורטית במחלקה להנדסה ביו רופאית בפקולטה להנדסה באוניברסיטת תל-אביב

 

מטרת ההשתלמות הבתר-דוקטורית היא לאפשר לחוקרים צעירים, שאושרה זכאותם לקבלת תואר שלישי ממוסד אחר, השתלמות מדעית במסגרת קבוצת מחקר מבוססת או בתחום מחקר מבוסס ובליווי חבר סגל בכיר. ההשתלמות נועדה לקדם את המשתלם לשלב נוסף ולהכשירו לשמש כחוקר באקדמיה או מחוצה לה.
​במקרים חריגים, ובאישור הוועדה, תינתן האפשרות לבצע השתלמות בתר-דוקטורית למי שהשלים את הדוקטורט באוניברסיטת תל אביב.

על המועמדים לעמוד לכל הפחות בתנאי הקבלה של הפקולטה להנדסה ואוניבריסטת תל אביב.

רמת מלגה

רמה ה' - מלגה המיועדת למשתלם בתר דוקטור. היקף המלגה המנימאלי הוא 100% מלגה. מלגת משתלם בתר דוקטורי בינלאומי לא תפחת מ-150%.

היקף המלגה 

שיעורן הבסיסי של המלגות נקבע ע"י האוניברסיטה בתחילת כל שנת תקציב, על בסיס השינוי השנתי במדד המחירים לצרכן.

להלן שיעורי המלגות (100%) לשנה"ל תשפ"ד 2023-2024

דרגה  סכום לחודש ל 100% מלגה
רמה ה 6,575 ש"ח 

 

 

 

 


לפרטים נוספים על השתלמות בתר-דוקטורית באוניברסיטת תל-אביב

 

חוברת מידע לבתר-דוקטורים

 

למדור תלמידי מחקר במזכירות האקדמית 

 

מלגת קיום ניתנת לסטודנטים המקדישים את עיקר זמנם לעבודת המחקר.

הפקולטה והמחלקה רשאיות להחליט על תנאים נוספים ו/או עדכון הקריטריונים

 

תנאי הסף לקבלת מלגת קיום לתלמידי תואר שלישי

  • מינוי מנחה קבוע  מתוך רשימת סגל המחלקה  או סגל הפקולטה ( רשימת תחומי המחקר של המחלקה) 
  • עבודה מחוץ לאוניברסיטה - הסטודנטים מצהירים  שבכוונתם להקדיש את מירב הזמן ללימודים ומחקר.*
  • ניתן לקבל עד  מקסימום 225% מלגה

      * חיילים בקבע או בשירות בסדיר אינם יכולים לקבל מלגת קיום חודשית.

 שלבי התואר:

שלב א'

דוקטורנט שהתקבל לשלב א', יתחיל לקבל מלגה קיום בהתאם לתאריך הקבלה
יש להגיש ולהיבחן על הצעת המחקר  עד שנה- שנה וחצי מיום הקבלה לשלב א'.

שלב ב'

מעבר לשלב ב' מותנה במעבר בחינת המועמדות בהצלחה
המשך מלגת הקיום מותנה במעבר לשלב ב'

סטודנט שהתקבל כמועמד לשלב א', או שהתקבל על תנאי- יש לבדוק עם המזכירות האקדמית האם רשאי לקבל מלגה.

 משך זמן תקופת המלגה

הזכאות למלגה הינה במשך ארבע שנים מרגע הקבלה לשלב א',
ניתן לקבל מלגה של שנה נוספת (חמישית) במימון החוקר בכפוף להחלטתו
המלגה מותנית בקיום ההתחייבויות האקדמיות כפי שייבדקו בתום כל שנת לימודים, ובשיקולים אקדמיים ותקציביים:

המלגה נפסקת בתאריך הגשת עבודת התיזה למזכירות התלמידים או תחילת עבודה מחוץ לאוניברסיטה.

 

משך זמן תקופת המלגה

דוקטורנטים המתקבלים למסלול הישיר לדוקטורט, מקבלים מלגה למשך חמש שנים
המשך קבלת המלגה מותנה במעבר בהצלחה של בחינת המועמדות והמעבר לשלב ב'.

 רמת מלגה

רמה ג' - נועדה לתלמיד מחקר שלב א' עד למועד אישור הצעת המחקר.

מי שהתקבל כמועמד לתלמיד מחקר שלב א' ומבקשים להעניק לו מלגת קיום, יקבל מלגה ברמה ב'. עם התקבלותו כתלמיד מחקר שלב א' תעלה רמת המלגה לרמה ג'.

רמה ד' - נועדה לתלמיד מחקר שלב ב', ותחילתה תהיה מהמועד בו אושרה הצעת המחקר ע"י הוועדה האוניברסיטאית לתלמידי מחקר.

 

היקף המלגות

מלגה ניתנת לפרק זמן מינימלי של סמסטר (חצי שנה). היקפי המלגה האפשריים ניתנים בשיעורים של 50%-225% (בקפיצות של 25%) מערך הבסיס של המלגה, הנקבע לפי רמתה. במקרים מיוחדים ניתן להגיש בקשה להענקת מלגה בהיקף העולה על 225%.

שיעור הבסיס

שיעורן הבסיסי של המלגות נקבע ע"י האוניברסיטה בתחילת כל שנת תקציב, על בסיס השינוי השנתי במדד המחירים לצרכן.

להלן שיעורי המלגות (100%) לשנה"ל תשפ"ד 2024-2025

דרגה סכום לחודש ל 100% מלגה
רמה ב   ₪3,788
רמה ג 4,941 ₪
רמה ד 5,679 ₪

פרס לימודים (תשלום שכר לימוד)

סטודנט המקבל מלגת קיום למשך חצי שנה לפחות, בהיקף של 50% מלגה לפחות- זכאי לקבל "פרס לימודים": מימון שכר הלימוד של הסטודנט   המלגה אינה פוטרת מהתשלומים הנלווים של שכר לימוד. על הסטודנט לשלם רק את התשלומים הנלווים (דמי אבטחה ודמי רווחה, בעלות כוללת של כ 800 ₪ לשנה).

 השתלבות במערך ההוראה של המחלקה

סטודנטים הלומדים בתארים מתקדמים יכולים להשתלב בתכנית הלימודים כפי שמוצע על ידי בית הספר

 זכאות לאישורי חניה בשטחי האוניברסיטה

תלמידים מלגאים זכאים לאישורי חניה בשטחי האוניברסיטה, למשך כל תקופת קבלת המלגה.

הסבר על אופן הגשת הבקשות לקבלת אישורים אלו ניתן למצוא באתר של  יחידת הביטחון .

לאחר הזמנת אישורי החניה במערכת ואישורם ע"י יחידת הביטחון, האישור יגיע למזכירות בית הספר( יש להמתין למייל מהמזכירות)

 אישורים על קבלת מלגות

על-מנת לקבל אישורי זכאות למלגות (עבור מעונות לילדים, או לקבלת משכנתא), יש לפנות למדור מלגות, במזכירות אקדמית, בדוא"ל : annagure@tauex.tau.ac.il.

​לבירורים והנחיות סטטוס קבלה ו/או מצב לימודים, נא למזכירות תלמידים תואר שלישי

למלגות נוספות לדוקטורנטים 

כללי סיוע למלגאים באוניברסיטת תשפ"ד

מדור תלמידי מחקר

שכר לימוד

 

 

מלגת קיום ניתנת לסטודנטים המקדישים את עיקר זמנם לעבודת המחקר.

הפקולטה ובית ספר רשאים להחליט על תנאים נוספים ו/או עדכון הקריטריונים.

 

 תנאי הסף לקבלת מלגת קיום לתלמידי תואר שני: 

 ציון גמר תואר ראשון, סופי ומעודכן במערכת מועמדים/תלמידים: 85 ומעלה .

  • תלמידים שהתקבלו ללימודי תואר שני במעמד "מן המנין,אשר למדו לימודי צבירה לתואר שני לפני  שעברו למעמד מן המניין, יהיו זכאים לקבל  מלגה   מהפקולטה כאשר יעברו למעמד "מן המניין" ,אם בנוסף לתנאי הראשון ( 85 בתואר  ראשון), ממוצע ציוניהם בלימודי הצבירה  הוא 80 לפחות . 
  • תלמידים שחויבו בהשלמות קודם לקבלתם ללימודי תואר שני במעמד "מן המניין", יהיו זכאים לקבל מלגה מהפקולטה אם סיימו לימודיהם לתואר ראשון בממוצע 85 לפחות ובנוסף סיימו את לימודי ההשלמה בממוצע 85 לפחות.
  •  אישור של קבלה לתואר שני: "מן המניין" למסלול המחקרי/תזה
  •  מינוי מנחה קבוע  מתוך רשימת סגל בית הספר  או סגל הפקולטה ( רשימת תחומי המחקר של המחלקה) 
  •  הענקת המלגה בשנה השנייה לתואר שני "מן המניין" מותנית  בממוצע 85 לפחות  בשנה הראשונה ובהמלצת המנחה
  •  עבודה מחוץ לאוניברסיטה - הסטודנטים מצהירים  שבכוונתם להקדיש את מירב הזמן ללימודים ומחקר.
  • הענקת המלגה בשנה השנייה לתואר שני "מן המניין" מותנית  בממוצע 85 לפחות  בשנה הראשונה ובהמלצת  המנחה
  • ניתן לקבל עד 225% מלגה 

 

 תנאי הסף לקבלת מלגת קיום לתלמידי תואר שני מסלול ישיר למאסטר:

  •  מינוי קבלה למסלול ישיר למאסטר, במהלך השנה הרביעית (והאחרונה) של התואר הראשון שלו, (בכפוף לתקנון מסלול ישיר לתואר שני בהנדסה בחמש שנים)
  •  מנחה קבוע  מתוך רשימת סגל המחלקה  או סגל הפקולטה ( רשימת תחומי המחקר של  סגל המחלקה.
  •  עבודה מחוץ לאוניברסיטה -. הסטודנטים מצהירים  שבכוונתם להקדיש את מירב הזמן ללימודים ומחקר.
  •  הענקת המלגה בשנה השנייה לתואר שני "מן המניין" מותנית  בממוצע 85 לפחות  בשנה הראשונה ובהמלצת  המנחה
  • חיילים בקבע או בשירות בסדיר אינם יכולים לקבל מלגת קיום חודשית ​ (כיוון שקבע הוא כמו עבודה במשרה מלאה).

 

  •  משך זמן תקופת המלגה 
  • משך זמן הענקת מלגה הוא לתקופה מקסימלית של שנתיים, תואר שני מחקרי מרגע המעבר של הסטודנט/ית למסלול "מן המניין". במסלול הישיר החל מהקבלה למסלול הישיר 
  • ניתן לקבל מלגה של שנה נוספת במימון החוקר בכפוף להחלטתו 
  • המלגה מותנית  בקיום ההתחייבויות האקדמיות כפי שייבדקו בתום כל שנת לימודים, שיקולים אקדמיים ותקציביים.
  • המלגה נפסקת בתאריך הגשת עבודת התיזה למזכירות התלמידים או תחילת עבודה מחוץ לאוניברסיטה.
  • הענקת המלגה בשנה השנייה מותנית בממוצע 85 לפחות בשנה הראשונה ובהמלצת המנחה.

 רמת מלגה

רמה א' - נועדה למי שהתקבל כתלמיד מן המניין ללימודים לתואר מוסמך.

רמה ב' - נועדה למי שסיים לפחות שנה אחת בלימודים לקראת התואר מוסמך ואשר נושא עבודת הגמר שלו אושר.

היקף המלגות

מלגה ניתנת לפרק זמן מינימלי של סמסטר (חצי שנה). היקפי המלגה האפשריים ניתנים בשיעורים של 50%-225% (בקפיצות של 25%) מערך הבסיס של המלגה, הנקבע לפי רמתה. במקרים מיוחדים ניתן להגיש בקשה להענקת מלגה בהיקף העולה על 225%.

שיעור הבסיס

שיעורן הבסיסי של המלגות נקבע ע"י האוניברסיטה בתחילת כל שנת תקציב, על בסיס השינוי השנתי במדד המחירים לצרכן.

להלן שיעורי המלגות (100%) לשנה"ל תשפ"ד 2024-2025

דרגה סכום לחודש ל 100% מלגה
רמה א 2,715 ₪
רמה ב  ₪ 3,788

פרס לימודים (תשלום שכר לימוד)

סטודנט המקבל מלגת קיום למשך חצי שנה לפחות, בהיקף של 50% מלגה לפחות- זכאי לקבל "פרס לימודים": מימון שכר הלימוד של הסטודנט   המלגה אינה פוטרת מהתשלומים הנלווים של שכר לימוד. על הסטודנט לשלם רק את התשלומים הנלווים (דמי אבטחה ודמי רווחה, בעלות כוללת של כ 800 ₪ לשנה).

  

השתלבות במערך ההוראה של המחלקה

סטודנטים הלומדים בתארים מתקדמים יכולים להשתלב בתכנית הלימודים כפי שמוצע על ידי המחלקה

  

זכאות לאישורי חניה בשטחי האוניברסיטה

תלמידים מלגאים זכאים לאישורי חניה בשטחי האוניברסיטה, למשך כל תקופת קבלת המלגה.

הסבר על אופן הגשת הבקשות לקבלת אישורים אלו ניתן למצוא באתר של  יחידת הביטחון .

לאחר הזמנת אישורי החניה במערכת ואישורם ע"י יחידת הביטחון, האישור יגיע למזכירות בית הספר( יש להמתין למייל מהמזכירות)

  

אישורים על קבלת מלגות

על-מנת לקבל אישורי זכאות למלגות (עבור מעונות לילדים, או לקבלת משכנתא), יש לפנות למדור מלגות, במזכירות אקדמית, בדוא"ל : annagure@tauex.tau.ac.il.

  

כללי סיוע למלגאים באוניברסיטת תשפ"ד

מלגות נוספות

שכר לימוד

תקנון הלימודים לתואר שני

לבירורים והנחיות סטטוס קבלה ו/או מצב לימודים,
​ניתן ליצור קשר עם מזכירות תלמידים תואר שני הנדסה

 למידע נוסף  על מלגות לסטודנטים - לחץ כאן

 

עמודים

אוניברסיטת תל אביב עושה כל מאמץ לכבד זכויות יוצרים. אם בבעלותך זכויות יוצרים בתכנים שנמצאים פה ו/או השימוש שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות
שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות נא לפנות בהקדם לכתובת שכאן >>
אוניברסיטת תל-אביב, ת.ד. 39040, תל-אביב 6997801