הציון לתואר שני יחושב על-פי שקלול מרכיבי תכנית הלימודים, באופן הבא:
מסלול עם עבודת גמר (תזה): 50% ממוצע משוקלל של ציוני הקורסים, 30% ציון החיבור הכתוב, 20% ציון בחינת הגמר בנושא התזה.
מסלול פרויקט גמר: ממוצע משוקלל של ציוני הקורסים, כולל פרויקט הגמר שיחשב כקורס בהיקף 3 נ.ז.
הערות:
קורס, שתלמיד קיבל בגינו "פטור" בעקבות לימודים קודמים לתואר מתקדם באוניברסיטה אחרת, לא ייכלל בשקלול ציון הגמר.
יש לסיים את חובת הקורסים לתואר, בכל אחד משני המסלולים, בממוצע 75 לפחות.
תלמיד אשר צבר נ.ז. עודפות יוכל בסיום לימודיו ולפני שקיבל אישור זכאות לתואר, לבקש מהמזכירות שלא לשקלל עבורו קורסי בחירה המזכים בנ.ז. עודפות. התלמיד יוכל לבחור אילו קורסי בחירה שלא לשקלל. בכל מקרה, רשומת הקורסים הסופית חייבת להחיל את כל דרישות החובה שהוגדרו על-ידי המחלקה למדע והנדסה של חומרים. כמו כן, ניתן לצבור עד 6 נ.ז. עודפות שיוכרו בלימודי דוקטורט.
[2] כל סטודנט חייב לקחת את הקורס "מעבדת שיטות מתקדמות באפיון חומרים" שבסמסטר 6 יחד עם קורס נוסף בהיקף 3 ש"ס מרשימת קורסי הבחירה או את הקורס "מעבדה מתקדמת בכימיה פיזיקלית" שבסמסטר 8.
[4] סטודנטים מצטיינים בתכנית מדע והנדסה של חומרים וכימיה יוכלו לבצע את פרויקט הגמר החל מחופשת הקיץ שלאחר שנת הלימודים השלישית ו/או לפרוש אותו על סמסטרים 7 ו- 8, כך שיתאפשר להם להשלים את התואר המשולב בארבע שנים (8 סמסטרים).